Оказывается phpMyAdmin начиная c 4.8.0 поддерживает U2F токены - https://docs.phpmyadmin.net...test/two_factor.html
Не поймите меня неверно, я все равно считаю, что PMA - жирный кусок блотвари и вообще излишен для большинства случаев, а кулхацкеры постоянно сканируют на предмет его наличия, неспроста, но "народу нравиццо". Так пусть хоть токеном прикрываются.